Shinichi Kudo est élève en première année au lycée Teitan. Pour avoir résolu plusieurs enquêtes difficiles, beaucoup le considèrent comme "l'aide la plus précieuse de la police japonaise". Un jour, alors qu'il se promenait avec son amie d’enfance Ran Mouri dans un parc d’attraction : Tropical Land, un meurtre se produit où il fait la rencontre de deux hommes étranges vêtus de noir au regard glacial, les yeux d’un assassin capable de tuer de sang-froid. Ils faisaient les coupables tout désignés mais ce ne fût pas le cas.

       À la fin de la journée, après que Shinichi ai résolu l’affaire, il aperçu l’un des hommes en noir entrer dans une ruelle. Par curiosité et intuition, Shinichi demanda à Ran de l’attendre, et il le suivi discrètement et comprend alors que ce sont des maîtres chanteurs. Il était tellement absorbé par cette scène, qu’il ne vit pas que l’autre homme s’était approché par derrière. L’homme l’assomma et lui fit boire un poison expérimental pour le faire taire : l’ "APTX4869". Les hommes partent en courant, pensant qu’il va sans doute mourir. Mais l'effet est inattendu et quand Shinichi se réveilla il s’aperçu qu’il avait rajeunit de 10 ans ! Il se retrouve donc dans un corps de 6 ans mais son cerveau et resté le même. Aidé par son ami et voisin, le docteur Hiroshi Agasa, 52 ans, chercheur et inventeur farfelu croyant être un génie, mais n’invente en fait que des gadgets, il décide de partir à la recherche de l'organisation secrète dont il a été victime. Le professeur lui dit qu’il ne fallait en parler à personne pas même à Ran, car ça mettrait leur vie en danger. Ran, s’inquiétant de ne pas revoir Shinichi, se rend chez le professeur Agasa (où est Shinichi !). Shinichi entend Ran arriver et se cache sous le bureau où il trouve des lunettes pour se déguiser un minimum. Ran le trouve et lui demande son prénom. Il répondit : " Conan Edogawa ! ". Il cache donc sa véritable identité sous le pseudonyme de Conan Edogawa sans que personne ne soit au courant à part le professeur Agasa. Il se réfugie chez Ran dont le père Kogoro Mouri est un ancien policier qui est devenu un détective privé raté, alcoolique et pervers. Se montrant souvent idiot et inefficace, il voit sa carrière reprendre du tonus depuis qu'il héberge Conan Edogawa qui résout secrètement ses affaires. Il est bon au judo, dont il a appris des gestes à sa femme et sa fille. Shinichi fait donc de Mouri, un célèbre détective, en résolvant à sa place des affaires très difficiles, dans le but de retrouver la trace des hommes en noirs. Mais même la police ne connaît pas l’existence de cette organisation, c’est pour cela que ça sera d’autant plus dur pour Shinichi de retrouver la trace des Hommes en Noirs.

       



 À plusieurs reprises Conan va trouver des personnes un peu suspectes. Comme le professeur d’Anglais de Ran, une femme, et une autre personne, un homme, agissant étrangement se trouvant toujours dans des lieux où on y s’attend le moins, un autre homme assez âgé ressemblant à une célébrité qui s’occupe des animaux. Conan va ensuite découvrir que ces personnes, plus d’autre, font en fait partit du F.B.I et qu’elles connaissent l’existence de l’organisation des Hommes en Noirs que Shinichi recherche.

 

Peu à peu, les parents de Shinichi sont mit au courant de toute cette histoire par le professeur Agasa.

Un jour, une nouvelle élève apparaît dans la classe de Conan, Aï Haïbara. Elle était autrefois une jeune femme qui travaillait pour les hommes en noir, l'organisation secrète que Shinichi a découverte. C’est elle qui a crée ce poison. Après que les hommes en noir ont tué sa sœur qui elle, était rentré dans l’organisation dans le seul but de délivrer sa sœur, Aï Haibara s'est révoltée mais a fini emprisonnée. Elle a ensuite avalé elle-même le poison qu’elle a inventé qui avait transformé Shinichi, (de toute façon elle était sûre d’être condamnée), et a rajeuni. Elle a alors réussit à s’échapper par un passage étroit. Son vrai nom est Shiho Miyano mais l’organisation l’avait nommé Cherry. Elle sait donc que Shinichi avait dû lui aussi rapetisser car c’était la seul personne dont la mort n’avait pas été confirmée. Elle n’a plus de famille et est donc allé chez Shinichi. Le professeur la trouva évanouit dans la rue et l’accueilli chez lui. Elle lui expliqua tout à lui et à Conan. Mais elle est très recherchée par l’organisation. 

 

Heiji Hattori est un détective très doué comme Shinichi. Shinichi est le détective de l’Est et lui de l’Ouest. Il va découvrir tout seul que Conan et Shinichi ne font qu’un. Il va devenir un ami très proche de Shinichi. Il est toujours accompagné par Kazuha, une amie d’enfance.

        Sonoko Suzuki est la meilleure amie de Ran. Elle est aussi issue d’une grande famille riche, et d’une société Suzuki. Elle est toujours à la conquête des beaux garçons.

        Parmi la police se trouve le supérieur de l’équipe principale, l’inspecteur Juuzo Megure, l’inspecteur Takagi Wataru amoureux de la belle Miwako Satô, une jolie femme convoitée par tout les hommes du commissariat. Ils ne se sont jamais avoué leurs sentiments tout comme Shinichi et Ran mais aussi Heiji et Kazuha. Ninzaburo Shiratori, qui est jaloux de la relation qu’il y a entre Takagi et Satô, fait aussi parti de l’équipe.